Fundada em 1995, na cidade de Afonso Cláudio-ES, inicialmente a Frucafé produzia mudas de frutíferas e café, daí o seu nome.

Em 2001, abriu duas filiais em Iconha (junho) e Linhares (novembro).

Em 2002, foi iniciada a produção de mudas de frutíferas na unidade de Linhares que se tornou a matriz, enquanto a unidade de Afonso Cláudio tornava-se filial.

Em 2003 as filiais de Afonso Cláudio e Iconha foram desativadas, concentrando toda a produção e comercialização na unidade de Linhares e especializando-se na produção de frutíferas e ornamentais.

A Frucafé é hoje o maior produtor de Ixora híbrida e um dos maiores produtores de frutíferas do Espírito Santo.

Um dos diferenciais da Frucafé é o uso apenas de substrato vegetal à base de casca de pinus e fibra de coco na produção de suas mudas.

Atualmente a Frucafé conta com quatro áreas destinadas à produção – totalizando 11 hectares – e uma área exclusiva para comercialização no varejo, ambas localizadas no bairro Canivete, em Linhares. Sua força de trabalho é formada por cerca de 70 funcionários, sendo a maioria mulheres.